Vào một ngày mới ở vùng Kanto, Satoshi được Giáo sư Yukinari Ookido mời đến dự lễ khai trương phòng thí nghiệm của Giáo sư Sakuragi ở thành phố Vermillion. Trong bài phát biểu nghi lễ, Giáo sư Sakuragi nhận được cảnh báo về một Pokémon có thể rất hiếm xuất hiện ở bến cảng của Thành phố Vermillion, khiến Satoshi và các huấn luyện viên khác lao đến khu vực với hy vọng tìm thấy Pokémon bí ẩn. Tại bến cảng, họ tìm thấy Lugia - một Pokémon huyền thoại - đang tham gia chiến đấu với các huấn luyện viên khác. Nhận thấy chiến thuật của các huấn luyện viên khác, Satoshi đã cùng đồng đội của mình, Pikachu, tấn công Lugia bằng đòn Thunderbolt. Không hề bối rối, Lugia bỏ chạy, nhưng không phải trước khi Satoshi quyết tâm nhảy lên lưng nó. Trước sự ngạc nhiên của Satoshi, anh gặp một cậu bé khác, Gou, cũng nhảy lên lưng Lugia. Cả hai cưỡi trên lưng Lugia khi nó đưa họ vào một cuộc phiêu lưu kỳ lạ trên khắp các vùng biển. Khi cả hai trở lại mặt đất, Satoshi và Gou tạm biệt Lugia và quay trở lại Viện Sakuragi. Bị ấn tượng bởi những phát hiện của Gou và cái nhìn sâu sắc của Satoshi trong cuộc gặp gỡ của họ, Sakuragi yêu cầu bộ đôi này trở thành đối tác nghiên cứu mới của mình. Và thế là cuộc hành trình của bộ đôi bắt đầu, du hành qua nhiều vùng để gặp nhiều Pokémon mới bao gồm cả những Pokémon có khả năng Gigantamax!