Luôn luôn có những kẻ tìm cách để giam giữ và bắt những Pokémon hiếm - và cũng luôn có những người sẽ bảo vệ những Pokémon đặc biệt này khỏi thế lực xấu xa. Bốn mươi năm trước, đã có một điều gì đó đã xảy ra khi Celebi đang chạy trốn một thợ săn hung hãn, và một Người huấn luyện trẻ tuổi Sammy đã lao đến giải cứu. Họ biến mất - trở thành một huyền thoại kỳ lạ mà người dân trong thị trấn kể cho nhau nghe. Quay lại hiện tại, Satoshi và những người bạn đã đến khi rừng, và trong khi câu truyện của Sammy và Celebi ban đầu tưởng chừng như chỉ là một câu chuyện - họ khám phá ra sự thật khi cả cậu bé và Pokémon xuất hiện một lần nữa! Mặc dù cả hai đều hồi phục sau những thử thách khó khăn trong suốt bốn mươi năm qua, mọi thứ không trở nên tốt hơn - vẫn còn những kẻ muốn bắt Celebi! Lần này là Iron Masked Marauder, và kế hoạch của hắn có lẽ là kế hoạch tàn bạo nhất. Hắn được trang bị Dark Ball, khiến bất cứ Pokémon bị bắt sẽ vâng lời một cách vô thức và trở nên tà ác. Liệu Satoshi, Sammy, Kasumi, Takeshi có thể chống chọi sức mạnh của Celebi bị chiếm hữu, và giúp nó trở lại là chính mình không?