Xuất phát từ một trận chiến giữa Giratina và Dialga hai loài Pokemon đang đánh nhau Giratina đã tìm cách đưa Dialga về thế giới song song của nó. Nhưng không may trong lúc đánh nhau thì vô tình kéo một loài pokemon đặc biệt vào thế giới song song của chúng mọi chuyện chưa đi đến hồi kết thì loài Pokemon đó đã mở ra một cánh cổng mới để quay trở về thế giới của mình Dialga cũng theo đó mà trốn thoát khỏi Giratina. Giratina là Pokémon duy nhất sống trong Reverse World, một vùng đất ít được biết đến liền kề với chúng ta. Nỗi giận khi Palkia và Dialga làm gián đoạn thời gian và không gian, nó kéo Dialga vào Reverse World để giải quyết bằng một trận chiến - nhưng cuộc xung đột lại bị phá vỡ bởi một Shaymin nhỏ bé, Gratitude Pokémon! Sau khi rời khỏi Reverse World và gặp Satoshi cùng những người bạn, Shaymin - sử dụng thần giao cách cảm để nhờ sự trợ giúp để nó có thể đoàn tụ với các Shaymin khác ở khu vườn Gracidea. Ngay sau khi Satoshi và những người bạn đồng ý hỗ trợ Shaymin, họ bị kéo vào Reverse World và gặp Newton Graceland, người đang nghiên cứu về vùng đất bí ẩn này. Họ không biết rằng trợ lý cũ của Newton, Zero đang tìm cách để khai thác sức mạnh của Giratina để cai trị Reverse World, mặc dù điều đó có nghĩa là phá hủy thế giới thực! Liệu các anh hùng của chúng ta và Pokémon của họ có thể ngăn cản kế hoạch tà ác của Zero và bảo vệ cả hai thế giới hay không? Liệu Giratina có giải quyết được sự khác biệt của nó với Dialga? Và Satoshi và những người bạn của anh ấy sẽ học gì về Shaymin đặc biệt này?