Magano, một vương quốc song song chứa đầy quái vật được gọi là "Kegare", là nơi các thầy trừ tà xử lý mọi thứ ô uế. Benio Adashino là một nhà trừ tà thần đồng được công nhận về sức mạnh của mình và được Liên minh trừ tà triệu tập đến Tokyo. Trên đường đi, cô ngã vào vòng tay của Rokuro Enmadou, một pháp sư trừ tà trẻ tuổi với quá khứ rắc rối. Nhưng tạp chất của Magano không nghỉ ngơi. Khi hai nhà trừ tà này chứng kiến ​​cảnh một vài đứa trẻ bị Kegare đánh cắp, Benio đã lao đến cứu chúng, kéo theo Rokuro cùng với cô ấy vào Magano. Tham gia vào một cuộc chiến mà cô ấy sắp bị đánh bại, Benio được Rokuro cứu, tiết lộ rằng anh có khả năng trở thành đối thủ của cô ấy về tài năng. Sousei no Onmyouji kể câu chuyện về hai nhà trừ tà tài năng, những người được định sẵn trở thành "Song tinh trừ tà" và cha mẹ được tiên tri của Miko tái sinh của Abe no Seimei người sẽ tẩy sạch thế giới khỏi mọi ô uế.