Nếu một cuộc khảo sát được thực hiện để xem liệu mọi người có tin vào người ngoài hành tinh, du hành thời gian, hoặc có thể là siêu năng lực gia hay không, hầu hết sẽ nói rằng họ không tin; Kyon, một học sinh trung học bình thường tự coi mình là một trong những kẻ ngoại đạo. Tuy nhiên, vào ngày đầu tiên đến trường, anh gặp một cô gái, người đã sớm làm đảo lộn thế giới của anh. Trong buổi giới thiệu lớp học, người đẹp Haruhi Suzumiya đã mạnh dạn thông báo về sự chán nản với những người "bình thường" và ý định gặp gỡ những đấng siêu nhiên. Ngơ ngác, Kyon biết được sự thất vọng của mình với việc thiếu các câu lạc bộ tập trung vào huyền bí ở trường của họ và vô tình thôi thúc cô thành lập câu lạc bộ của riêng mình. Cô ấy tạo ra niềm vui lan tỏa trên toàn thế giới với Lữ đoàn Haruhi Suzumiya, hay còn được gọi là Lữ đoàn SOS. Sau khi thành lập Lữ đoàn SOS, Haruhi quản lý để chiêu mộ Kyon và ba thành viên khác: mọt sách trầm lặng Yuki Nagato, học sinh lớp trên nhút nhát Mikuru Asahina và Itsuki Koizumi luôn tích cực. Mặc dù có vẻ ngoài bình thường, nhưng các thành viên mới của Lữ đoàn SOS đều mang trong mình những bí mật liên quan đến Haruhi. Bị mắc kẹt trong bí ẩn xung quanh thủ lĩnh câu lạc bộ lập dị, Kyon bị Haruhi và Lữ đoàn SOS lật tẩy một loạt các hành vi sai trái, mỗi người đưa anh ta đến gần hơn với sự thật về cô ấy là ai và là gì.