Bất chấp thất bại của Quinella giáo chủ của Giáo hội Chân lý mọi thứ dường như vẫn chưa lắng xuống. Khi tiếp xúc với thế giới thực, Kazuto "Kirito" Kirigaya phát hiện ra rằng Ocean Turtle - một siêu phao nổi do Rath điều khiển - đã bị đột kích. Do bị đoản mạch đột ngột do những kẻ đột kích gây ra, Fluctlight của Kirito bị hỏng, khiến anh hôn mê. Cảm thấy bất an về những người ở Nhà thờ Chân lý, Alice đưa Kirito bất tỉnh trở về quê hương của họ Làng Rulid, bất chấp việc cô bị trục xuất do một tội ác chưa được giải quyết. Bây giờ, Alice đang sống một cuộc sống bình thường và yên bình gần ngôi làng, mong Kirito thức dậy. Tuy nhiên, bi kịch ập đến khi Alice nhận thấy rằng Lãnh thổ bóng tối đã bắt đầu xâm chiếm Đế chế loài người. Lấy lại bí danh trước đây của mình, Alice Synthesis Thirty, cô ấy hứa sẽ đánh bại Dark Territory để bảo vệ thế giới mà Kirito và Eugeo đã dày công bảo vệ.