Sau khi ăn mừng chiến thắng trước Al-Thamen, Aladdin và những người bạn của mình rời khỏi vùng đất Sindria. Tuy nhiên, khi trận chiến kết thúc, sẽ đến lúc mỗi người đi theo con đường riêng của mình. Hakuryuu và Kougyoku được lệnh trở về quê hương của họ, Đế quốc Kou. Trong khi đó, Aladdin thông báo rằng anh cần phải đến Magnostadt - một quốc gia bí ẩn do các pháp sư cai trị - để điều tra những sự kiện bí ẩn xảy ra trong vương quốc mới này và trở nên thành thạo hơn trong phép thuật. Về phần mình, được động viên bởi những lời của Aladdin, Alibaba và Morgiana cũng bắt đầu theo đuổi mục tiêu của riêng mình: đào tạo và trở về quê hương của cô ấy. Magi: Vương quốc Phép thuật theo chân những người bạn này khi tất cả họ thực hiện những chuyến phiêu lưu riêng biệt, mỗi người phải đối mặt với những thử thách riêng. Tuy nhiên, một mối đe dọa mới bắt đầu trỗi dậy khi một cuộc chiến vĩ đại rình rập ...