Ngày xửa ngày xưa, một chủng tộc được gọi là Thiên thần bóng tối đã tấn công Trái đất để thu hoạch sinh lực của tất cả những người sinh sống trên hành tinh này. Nhờ một phép màu phi thường nào đó, các Thiên thần Bóng tối đã không hoạt động và nhân loại có thể sống thêm 12.000 năm nữa mà không sợ sự hiện diện của họ. Nhưng 11 năm sau thảm họa được mệnh danh là Holy Genesis đã mang đến sự hủy diệt cho Trái đất, các Thiên thần Bóng tối đã bị đánh thức khỏi giấc ngủ và tiếp tục các cuộc tấn công một lần nữa. Để mang lại cho nhân loại một phần cơ hội, một tổ chức có tên là DEAVA đã được thành lập và việc sử dụng vũ khí robot có tên Aquarion đã được cho phép. Để Aquarion phát huy hết sức mạnh, ba phi công phải kết hợp trái tim, thể xác và linh hồn của họ thành một một kỳ tích mà ít người có thể hy vọng đạt được. Do đó, việc tìm kiếm cái gọi là 'Người dùng Nguyên tố' đã được ưu tiên, với hy vọng đảm bảo tương lai của nhân loại. Sousei no Aquarion kể về câu chuyện của Apollo, một chàng trai gần như hoang dã lớn lên trong hoàn cảnh nghèo khó, người được cho là một anh hùng huyền thoại tái sinh. Sau khi người bạn thân nhất của mình bị bắt bởi các Thiên thần Bóng tối, Apollo chọn trở thành một phi công Aquarion. Liệu anh ta có thể lật ngược tình thế của cuộc chiến và giải phóng nhân loại khỏi mối đe dọa từ các Thiên thần Bóng tối một lần và mãi mãi?