Sau Công Nguyên năm 2016, các nền tảng của nhân loại đã bị thiêu rụi bởi Vua pháp sư Solomon. Chaldea, một tổ chức pháp sư bí mật với sứ mệnh bảo tồn tương lai của nhân loại, đã nhìn thấy trước sự tuyệt chủng của nhân loại vào năm 2015. Do đó, đã bắt đầu chiến dịch sửa chữa các Điểm kỳ dị trong lịch sử gây ra bởi Chén Thánh phân tán xuyên thời gian và không gian — Chiến dịch Grand Order. Sử dụng công nghệ du hành thời gian Rayshift, chủ nhân cuối cùng của Chaldea là Ritsuka Fujimaru và á nhân Mash Kyrielight của anh ta đã đi đến và giải quyết sáu điểm Kỳ dị. Bây giờ, họ khởi hành đến điểm đến nguy hiểm nhất của họ: một nền văn minh trong Thời đại của các vị thần, B.C. 2655 Lưỡng Hà. Ritsuka và Mash sớm phát hiện ra rằng Quỷ dữ đi lang thang trên đất liền, tấn công người dân và thị trấn. Giữa sự hỗn loạn và khủng bố là sự bảo vệ cuối cùng của nhân loại — Uruk, một thành phố pháo đài đóng vai trò là tiền tuyến cho cuộc chiến chống lại những con thú. Mặt trận được chỉ huy bởi không ai khác ngoài Vua Gilgamesh, Vua của các Anh hùng, người đã tìm kiếm sự trợ giúp từ các Anh hùng và đảm nhận vai trò của một pháp sư để bảo vệ thành phố của mình. Cùng với Gilgamesh và những người hầu được triệu hồi, Ritsuka và Mash phải bảo vệ Uruk trước sự tấn công dữ dội của ma thú và đánh bại Liên minh Ba nữ thần, kẻ có mục đích tận diệt loài người; đồng thời, một mối đe dọa lớn hơn hiện ra trên Uruk, chuẩn bị cho sự thức tỉnh của nó.